郵便事業からの移管完了までの間、JPEXの直営拠点（主に統括支店が併設されており、「支店」と呼称している。県庁所在地名そのものの旧ペリカンセンターは「支店」への移行で拠点名が概ね改称されている）を除く拠点は、日通が受託する形となり、従来通り、拠点名は「ペリカンセンター」のままになっている。なお、日通が手がけていた当時から、地方によっては別の事業者に委託していたところもあり、こちらについては、JPEXへの移行に伴い、JPEXから日通に委託したものを当該事業者へ再委託する形を取っている（こちらの拠点は、再受託事業者名そのものが拠点名となっているところと、日通委託拠点同様「ペリカンセンター」となっている拠点とが存在する）。ただし、店舗検索で、「○○支店××営業所」になっている拠点は、「○○支店」そのものは、JPEXの支店ではなく、受託先である日通の支店であるため、「日通委託拠点」となる（統括支店の下にある支店がJPEXの直轄支店だが、この支店配下の営業所は、ペリカンセンター同様日通委託の拠点もある）。このため、純粋な直轄体制の拠点は、「○○統括支店△△支店」となっているところのみとなる（施設ないしは電話番号自体は、日通のアローセンターと共用しているケースもあるが、組織上はJPEXとアローセンターは完全に別）。
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日通時代は、「アロー便」とセットで、引越等その他の部門とは独立した支店（「ペリカン・アロー支店（PA店）」）が担当しており、元々のペリカンセンターはその配下にあるペリカン便部門の拠点名であった。
日通が本来得意とするのは企業向けの貨物輸送・物流業務で、特に国際航空貨物輸送（日通航空の名称で展開）は最も競争力を持っており、大きな収益源である。
世界各地に自社の輸送ネットワークを構築しているため「日通で貨物を運べない国や地域はない」とも言われることがあり、国際航空貨物取扱で2位の近鉄エクスプレスを大きく引き離している。